Problem może być w tym, że twój Eclipse korzysta z JRE, a nie JDK. JRE dla Windowsa potrafi odpalać Javę tylko z -client, żeby odpalać z -server musisz mieć JDK. (Źródło: http://java.sun.com/docs/hotspot/HotSpotFAQ.html#compiler_types)

Tak więc: - sprawdź czy masz zainstalowane JDK (choć skoro kompilujesz Javę to musisz mieć), tutaj proponował bym też ustawić zmienną środowiskową JAVA_HOME na c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_18 (wstawiając odpowiednią dla Ciebie ścieżkę), - sprawdź jakie masz ustawione ścieżki w Eclipsie (nie wiem dokładnie gdzie, bo nie mam w tej chwili Eclipsa), tzn. czy java.exe, którą próbujesz odpalić ten swój program znajduje się np. w c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_18\bin, a nie c:\Program Files\Java\jre6.

Jeszcze jedno: sprawdź czy odpalając program z linii komend przechodzi ci on z opcją -server, czy nie.

Możliwe, że Eclipse chce przy okazji wysłać dane o użytkowaniu. Sprawdź czy nie wykonuje operacji "Upload usage data" w tle.