Robię to tak:

1. cała konfiguracja jest przeniesiona do bazy danych, oprócz samych danych dostępowych bazy
2. kod znajduje się w repozytorium RCS'a (u mnie subversion), więc aktualizacja na serwerze, to zwykła aktualizacja danych z repozytorium
3. aktualizacje struktury bazy danych przygotowuje w postaci dwóch plików: data_nazwa_install.sql oraz data_nazwa_unistal.sql, pliki "install" po prostu wczytuję na serwerze, widząc, że "przybiegły" w czasie aktualizacji
4. aktualizacje danych jako plik który trzeba wykonać na serwerze

Do synchronizacji plików przez FTP mam taki skrypt znaleziony w sieci:

#!/bin/bash

HOST="domena.net"
USER="borzole"
PASS="123hasło"
LCD="/folder/lokalny/"
RCD="/folder/na/serwerze"

# synchronizowana jest cała zawartość lokalnego folderu,
# Uwaga! jeśli pliku nie ma lokalnie, to usuwany jest również z serwera
lftp -c "set ftp:list-options -a;
open ftp://$USER:$PASS@$HOST;
lcd $LCD;
cd $RCD;
mirror --reverse \
       --delete \
       --verbose \
       --exclude-glob a-dir-to-exclude/ \
       --exclude-glob a-file-to-exclude \
       --exclude-glob a-file-group-to-exclude* \
       --exclude-glob other-files-to-esclude"

Wygodne jest użycie rsync a do bazy danych - wygenerować dumpa struktury (bez danych) a potem wczytanie z polecenia mysql używając

source plik.sql

I działa.

Przy upload(dzie) w WinSCF zaznacz "Tylko nowe lub aktualizowane pliki" jednak najwygodniejszy jest sposób który podał Marcin (pkt 2)

Aktualizacja plików:

Najlepiej do trzymania kodu wykorzystać system kontroli wersji - przydaje się to nie tylko, gdy pracujesz w grupie. Najpopularniejszy jest aktualnie SVN, który oferuje coś takiego jak hook scripts.

EDIT: skrypt do update'u plików po commicie

Aktualizacja bazy danych:

Tutaj tak różowo niejest. Najlepszym znalezionym rozwiązaniem, które wymaga jednak poświęcenie czasu oraz dużej dyscypliny są migracje, wprowadzone w RoR oraz w najnowszej wersji symfony. Linki poniżej pomogą zrozumieć czym są właściwie migracje:

• migracje w Ruby On Rails
• prezentacja o migracjach w symfony

Konfiguracja:

Niekoniecznie w bazie, frameworki wprowadzają coś zwanego środowiskami, które ustawiane są jako np. zmienna środowiskowa systemu (lokalnie ustawiasz wartość np. 'dev', 'test' ..., na serwerze 'prod'. Na podstawie tej wartości wybierana jest wykorzystywana konfiguracja. Napisanie samemu takiego mechanizmu również nie nastręcza wielu problemów.