Jeśli głównym celem aplikacji jest przechowywanie plików i zależy Ci na tym, aby je wszystkie mieć w jednym miejscu razem z resztą danych to ok. Można je trzymać w bazie.

Jeśli natomiast aplikacja faktycznie ma zbierać duże ilości plików, ale poza tym będzie mocno wykorzystywana we wszelakich operacjach specyficznych dla aplikacji OLTP (duża ilość transakcji/operacji/itp) to nie polecam napychania bazy plikami.

Wtedy lepiej jest trzymać pliki w miejscu dobrze na to przygotowanym, czyli w systemie plików na dysku, a w bazie tylko linki do nich oraz resztę potrzebnych informacji.

Pozwoli Ci to na optymalizację działania bazy dla operacji transakcyjnych, a pliczki będziesz szybko pobierał bezpośrednio z dysku (a nie przez te wszystkie mechanizmy potrzebne do połączenia z serwerem bazy danych, itd). Szkoda zasobów.

Jeśli będzie to stało na odpowiedniej maszynie z macierzą dyskową to spokojnie można podzielić dyski tak, aby wydzielić przestrzeń na dyskach macierzy dla plików oraz osobno dla bazy danych.

Takie rozwiązanie stosuję w sumie we wszystkich swoich projektach. :)