Polecam sphinx - bardzo fajnie działa i jest szybki :)

Można za pomocą triggerów synchronizować dane z tabeli innoDB do tabeli MyIsam. A na tabeli MyIsam można założyć index FULLTEXT. I wszystkie pytania do niej kierować.

Można również wykorzystać do tego celu replikację. Można replikować tabele InnoDB do tabel MyIsam. Na zreplikowanej kopii można założyć indeksy FULLTEXT i wykonywać na nich zapytania.

EDIT 1:

Co do wydajności to rozwiązanie na triggerach może spowalniać działanie bazy (obu tabel - pierwotnej jak i wtórnej), jeżeli jest duża ilość insertów, update.

To samo może dotyczyć rozwiązania z replikacją. Ale za to bazę możesz replikować do wielu serwerów i kierować zapytania wyszukujące do wielu kopii bazy. Jako minus trzeba zaliczyć że serwery podrzędne mogą być trochę w tyle za głównym (nie aktualne dane).

Przepraszam, że jako odpowiedź, ale do komentarzy widocznie mam za mały rozmiar buta...

Wracając do rzeczy: Sam używam rozwiązania z osobną tabelą indexująca, z tym że cała magia indexowania contentu nie odbywa się za pomocą trigerów, a codziennie 0 3 rano za pomocą CRON'a. Dla niecierpliwych jest też opcja zaindeksowania świeżo dodanej treści za pomoca jednego przycisku. W ten sposób nie mieli bazą na bieżąco, tylko gdy wszyscy grzecznie śpią ;)